昨年の９月で派遣が任期満了となり退職した際、扶養控除を受けようと思ったのですが、

まず、どの手続きからすればよいのでしょうか？

ご主人の会社に「第３号被保険者」の申請を行うことです。年金だけでなく健康保険についても手続きが行われることを確認してください。

第３号被保険者の認定日を平成20年10月１日にしたいのですが、そのような申立ては可能ですか？

可能ですが、退職の日から9月30日までの分を、国民年金に納付する義務が発生します。

ただし、社会保険事務所の有様はご存じの通りです。こうした短期間での切替は彼らの事務手続きミスの誘発するリスクが高く、お勧めはしません。

私は確定申告が必要でしょうか？

2008年12月に年末調整していないのでしたら、その調整額を確定申告してください。

手続きが滞っている状態で、確定申告に行って何か支障はありますか？

確定申告までに年金、健康保険の手続きを済ませてください。手続きに支障が出ないとは言えませんので。

そもそも扶養控除って、健康保険は関係ありますか？

2008年9月に退職されたということですが、ご主人の2008年12月期の年末調整で扶養控除の適用を受けるには、国税庁の「扶養控除」の要件を満たすことが必要条件です。しかし、普通に派遣社員をしていたら、2008年1月～9月の所得によって要件を満たさないように思います。

なお、ご主人の会社から、2009年の調整のための所得調査依頼が来ているようでしたら、市役所へ行って速やかに所得証明を発行してもらってください。

また、（社会保険の一部としての）健康保険料は、本人の所得から控除されます。ご主人の年末調整・確定申告で控除対象となることはありません。（「社会保険料控除」参照）

民間保険である生命保険については、控除証明書の支払者がご主人であるということなら、ご主人の所得控除の対象となります。すでに年末調整は終わっているので、確定申告で調整してください。もし支払者がご自身なら、ご自身の確定申告で調整してください。

●まず、どの手続きからすればよいのでしょうか？

まずは健康保険の被扶養者届と国民年金の種別変更届をしましょう。ご主人の会社経由で行い、その後にyumikochu23さんとご主人の確定申告を必要に応じて行うという順番が良いのではないかと思います。

yumikochu23さんやご主人の確定申告の必要性や内容は、yumikochu23さんの派遣での収入額（派遣の給与収入以外に収入はないとして）に影響される部分もあるのですが、健康保険の被扶養者の認定がどうなるかによっても影響を受けるからです。

１０月１日に遡っての被扶養者認定が受けられなければ、１０月１日から被扶養者としての認定日までは国民健康保険の被保険者ということになります。そうなれば、国民健康保険の保険料を遡って支払うということになり、保険料を負担した方の社会保険料控除の対象になります。被扶養者となった日は本来は被扶養者としての要件を満たした日にすべきものなのでしょうが、５日以内に届出するということになっていることもあり、遡りに関してはどのようになるのか不明確です。政府管掌でも社会保険事務所ごとにいろいろと違いはあるようですし、組合管掌となれば健康保険組合ごとの基準になります（５日以内に届けても届出日からという健康保険組合もあったりします）。

http://www.otasuke.ne.jp/modules/xhnewbb/viewtopic.php?topic_id=...

http://www.soumu.go.jp/kanku/hokkaido/pdf/sodan_05.pdf

http://www.kenpo.sorun.co.jp/03_shikumi/c_hifuyousha.html

●第３号被保険者の認定日を平成20年10月１日にしたいのですが、そのような申立ては可能ですか？

可能です。過去２年までであれば、ちゃんと遡って第３号被保険者として保険料納付済期間となります。原則としては過去２年までしか遡れないため、２年より前の分も遡れるような特例措置がとられていたりしますので、当然２年分までは遡れます。

http://www.sia.go.jp/seido/nenkin/nenkin03.htm#6

●私は確定申告が必要でしょうか？

確定申告しなくても違法ではありません。ただ、派遣で得られていた収入次第ですが、確定申告により還付を受けられる可能性があります。所得税を源泉徴収されていたのであれば、９月に退職しているために年末調整が行われていませんから、少なくとも生命保険料の控除分は確定申告により還付されます。生命保険料の控除がなくても一部または全部が還付されることになるでしょう。

http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1910.htm

●手続きが滞っている状態で、確定申告に行って何か支障はありますか？

上記のとおり、健康保険の被扶養者認定の状況によって、社会保険料控除の額が変わったりしますので、先に確定申告をすると修正という事態になるかもしれません。

●そもそも扶養控除って、健康保険は関係ありますか？

配偶者控除や配偶者特別控除は健康保険の被扶養者でなければ受けられないというものではありませんから、関係はありません。