.htaccessを用いてパスワードをかけると、ダウンロード時、ユーザー名・ログインウィンドウに「警告: このサーバーは、ユーザー名とパスワードを安全ではない方法で送信することを要求しています (安全な接続を使わない基本的な認証)。」という表示が出てしまいます。（IE7でログインしようとした場合）「安全な接続を使った認証」にするには、どのようにすればよいのでしょうか？　.htaccess内の「AuthType Basic」あたりを変えればよいのでしょうか？

お気づきのように、.htaccess の AuthType を "Digest" にします。

具体的な手順は「Apacheでユーザー認証を行うには（Digest認証編）」をご覧ください。

なお、IEのメッセージ「安全な接続を使わない基本的な認証」というのは誤訳（中学1年生のやるような直訳）として有名で、本来は「暗号化通信を伴わないベーシック認証」という意味です。

Digest認証にしたところで、パスワードが暗号化されるだけで、「安全な接続」になるわけではありませんので、念のため。

ダイジェスト認証の他に、https://・・・・　というSSL接続を使っても警告を出させないようにする事は可能です。

http://blog.visual-components.jp/2008/10/basic.html

ただし

SSL接続を使う場合で、IE７を使う場合は、サーバに証明書がインストールされていないと

「この Web サイトのセキュリティ証明書には問題があります。」という画面が出てきてBasic認証よりもさらに強い警告が出る感覚があります。

いずれにしても、IE7のデフォルト状態で警告を出さないようにするにはちょっとタイヘンデス。