現在、都銀・ネットバンキングなど複数の銀行口座と、国債で資産を運用しています。

預金保険については、すでに説明があるとおりです。ID、PWの不正使用ですが、基本的に、あなたに責任が無い場合は、金融機関の方で保険に入っていますから、対応してくれます。ただし、PWに誕生日や電話番号など、あまりにもわかりやすいものを使っていたり、カードにパスワードを記載していたり、フィッシング等で利用者があまりに不注意で情報流出させた場合等には、利用者の過失もありますので、全額保証されない場合もありえるようです。金融機関といってもいろいろありますが、銀行ということであれば、普通預金・定期預金で１千万円以内であれば、特にリスクは無いとおもいます。

（１）たとえば、ネットバンキング等でID/PWが不正に使用され、預金が悪意のある他社に持ち去られてしまった場合の保証

これは、ご利用の金融機関の利用規程に記述があるはずです。

たとえば三井住友銀行のネットバンキングでは、「インターネットバンキング利用規定」→「4の2.【暗証番号の盗用等による振込等】」に詳しく規定されています。条件がすべて整えば、手数料を含む全額が補填対象となります。

（２）上記以外に金融機関に預けておくことで考えられるリスクを教えてください。

金融機関の破綻、国有化など

orange100yen さんが回答しているように、預金保護の対象となるのは、決済用預金と一般預金です。国債などは対象になりません。

機会損失

定期預金や国債など償還日が決まっている金融資産については、預託期間中、他の目的に運用できないという機会損失が発生します。

1.以前は法律上銀行の権利が非常に強く守られていたため、泣き寝入りのケースも多かったようです。ただ、最近はある程度対応しているらしいです。しかし、この手の情報はあまり出てないので真相は分かりません。また、金融機関に問い合わせた時も、ケースバイケースで求める回答は一切得られませんでした。そのため、ネットバンクの一部で行っているような、特殊な保険やワンタイムパス以外は、あまり信用していません。

２．例えば、A銀行に1000万10年定期、B銀行に1000万10年定期。景気の悪化により、Aが破綻、もしくは、合併した場合、ペイオフ受け皿銀行、もしくは、合併先となる、AB銀行には、2000万10年が入ることになります。一行に1000万というポリシーがある場合リスクになるかと思います。

(2)

預金保険の対象になるのは預金債権で普通預金口座や定期預金口座のみではありません。

預金債権は預金者が預金業務等で生じた債権全部を指して呼称するもので、

住宅金融支援機構などから貸付金や納税などの振込や振替のために一時的に普通預金口座に残高として増えた分や納税貯蓄組合関係、スクラム預金、財形貯蓄なども含みます。

破たん時に預金が1,000万円未満でもこれらを全部含めると1,000万円を超過しているということもあり得ます。

当然、1,000万円を超過している部分は保護されません。

あと、ネッバンク等ではシステム障害で一時的に取引ができなくなるリスクがあります。