SKYPEで着信する方法はオンライン番号のみでしょうか？他に方法はありますか？また、オンライン番号を複数取得して１つのスカイプインスタンス（ＰＣ上のスカイプアプリ）で着信できるでしょうか？

Skypeで着信する方法というのは、もちろんSkype to Skypeも大丈夫ですし、固定電話＆携帯からSkype（オンライン番号）でも大丈夫です。

Skype Outを購入していれば、Skypeにかかってきた電話も自分の携帯に転送することも出来ますし、Skypeから固定電話＆携帯にかけられます。

＞オンライン番号を複数取得して１つのスカイプインスタンス（ＰＣ上のスカイプアプリ）で着信できるでしょうか？

ですが、問題ありません。自分はアメリカと日本のオンライン番号を取得して、その番号にかかってきた電話はSkypeで受けています。

で、Skypeで受けられなかった場合、自分の携帯電話に転送して、携帯で受けられるようにしています。

ご参考までに。

http://q.hatena.ne.jp/answer