虹の色は、現代の日本では通常「七色」とされていますが、この起源はニュートンです。ニュートンは7音階に合わせて7色と規定したわけです。

少し時間が経ってしまいましたが、若干の補足を
虹は二色とされていたか、それとも五色か、という問題ですが、こちらのページが参考になります。
http://zipangu.cocolog-nifty.com/blog/2006/05/5_0545.html
「あお」はいまでも青と緑双方を指す言葉ですね。
つまり、虹はおおざっぱな感覚で「あか」と「あお」の「二色」だったのかもしれません。（もちろん目はさまざまな色を認識していて、その色の名前も知っているわけですが、慣例として）



陰陽五行説に当たるか当たらないか、ということでは、それに当てはめる人もいたのかもしれません。
が、陽炎と同様視していたように、虹はどちらかといえば色彩は重視されず、「怪異なもの」としてとらえられていたように感じます（あくまで主観ですが）。むしろ「雲」の方が色とりどり、という描写が多いような気もします。



なお、「五色」は特定の色ではなく、いろいろな色かも、というご意見ですが、五色沼や五色浜、五色岳などの例を見れば、定まった色はないので、そうかもしれない、と思います。
「五色」の初出はわかりませんが、中国の「淮南子」が神話上の「五色」を上げています。
http://chinese.dsturgeon.net/text.pl?node=3116&if=gb
「覽冥訓: 往古之時，四極廢，九州裂，天不兼覆，地不周載，火爁炎而不滅，水浩洋而不息，猛獸食顓民，鷙鳥攫老弱，於是女媧煉五色石以補蒼天，斷鼇足以立四極。殺黑龍以濟冀州，積蘆灰以止淫水。蒼天補，四極正，淫水涸，冀州平，狡蟲死，顓民生。 」

伝説の女神女媧が五色石を焼いて溶かし、壊れてしまった空を繕った、という神話ですが、おそらくは世界のエッセンス、5元素（＝あらゆる材料？）といった意味でしょう。淮南子のこの近辺のパラグラフにある「五穀」「九州」などの使い方を見ても、数は「基本的なもの」「いろいろなもの」といった使い方をされているかと思います。
淮南子は老荘思想の影響を受けているといわれているので、この神話もそれを受けて作られたものかもしれませんが、ご参考程度に。



ところで、吾妻鏡で「黄色が一番上」という描写がありましたが、普通の虹では黄色は真ん中で、通常は黄色がレイヤーの一番上ということは考えられませんが、「そのように見える」虹の写真がいくつかありました。
こちらなどがそれに当たるかもしれません。
http://takaji-ochi.com/gallery/categorise/chuuk/000250.html
右の青の部分が見えにくくなって、黄色から始まるようにも見えます。

これはもう少しわかりやすいです。
http://freethink.way-nifty.com/action/2007/08/post_a0b8.html
これだと黄色が上に見えるかもしれません。

吾妻鏡の作者が見た虹がどういうものかは推測の域を出ませんが、黄色が一番上という虹は、「そう見えた」ものとしてはありうる、ということで。蛇足ですが。