windowsネットワークにて、フォルダを共有するには下記の2つがあるという認識です。

・ネットワーク経由のアクセス：共有(フォルダ共有)とセキュリティ(NTFS)の2段階の認証
・ローカルからのアクセス：セキュリティ(NTFS)の認証のみ

どちらのユーザもセキュリティ(NTFS)の認証を通るので、共有(フォルダ共有)はEveryoneのフルコントロールを付与して、NTFSでユーザと権限を振ろうと考えていますが、何か問題はあるでしょうか。

Everyoneのフルコントロールを付与するのはまずいとよく言われますが、共有(フォルダ共有)ならば
問題ないと思っています。