MPEG4ファイルをカット・結合できるフリーソフトのうち、おすすめのものを、おすすめの理由を含めて、教えてください。

MP4形式であれば、yambですかねえ。

ビジュアルにカット箇所を指定できないのが難点ですが、再エンコード無しにデータを切り出せて画質劣化しないので、ケータイで撮影した動画の不要部分を切るのに使ってます。

http://yamb.unite-video.com/

「TMPGEnc無料版」は、映像を見ながらカット編集できます。歴史のあるツールで、製品版も販売されているので、品質はよいです。

ただし、必要なMPEG-4のエンコーダ／デコーダがインストールされていることと（MPEG-4には様々な種類がある）、拡張子をMP4ではなくAVIにしておく必要があります。

編集の手順は「カット編集」「ファイルの結合」をご覧ください。

UniteMovie

はいかがでしょうか。

これは動画・音声ファイル(rm,mpg,avi,asf,wmv,mov,flv,3gp,3g2,mp4,m4v,amc,mp3,wma,wav,m4a)結合ツールです。

http://www.vector.co.jp/soft/win95/art/se233899.html

http://www.softnavi.com/douga-review/review.cgi?id=9

いかがでしょう。

http://red.sakura.ne.jp/~anonymouse/unitemovie_cutmovie.html

このあたりかな