当社は未公開会社です。

1.　資本金が3億円だと、資本準備金の減少は十分可能ですね。

2.　「持分変動損益ではなく、連結調整勘定（のれん）という理解」で良いと思います。企業会計基準適用指針第2号　自己株式及び準備金の額の減少等に関する会計基準の適用指針第17項及び第18項に、以下のように書かれています。

17. 連結子会社による当該連結子会社の自己株式の少数株主からの取得及び少数株主への処分は、それぞれ親会社による子会社株式の追加取得及び一部売却に準じて処理する。

18. 第17項により、連結子会社による当該連結子会社の自己株式の少数株主からの取得を、親会社による子会社株式の追加取得に準じて処理する場合、自己株式の取得の対価と少数株主持分の減少額との差額をのれん(又は負ののれん)として処理する。

ということで、少なくとも、現状ではのれん処理になると思います。ただ、adogさんの勘も素晴らしく、この結論に至る背景の部分（第46項から55項）を読むと、損益認識のタイミングについても論点の一つであったことが述べられており、最後は

第17項から第19項に定めた方法は現行の連結会計基準に則した処理であるが、子会社における自己株式取引は今後増加し、子会社における資本取引の重要性が高まることが想定される。よって、子会社の資本取引により生じた親会社持分の変動額を、どの期の損益に帰属させるべきかという論点については、今後必要に応じて検討すべき課題であると考えられる。

という言葉で閉められています。また、変わるかもしれないよ、ということですね。