回答になっていない可能性があるので、ポイントはいりません。
サーバ側のキーボードの設定がうまくいっていない可能性があります。
(自分のVirtualBox on WinではPuTTYでうまく入力はできています)
まずは、PuTTYで
・ちゃんとつながるサーバ
・問題のサーバ(PuTTY)
・問題のサーバ(GNOME)
で以下のURLの操作をしてみて、
送信しているキーコードを確かめたほうがいいかもしれません。
http://blog.livedoor.jp/k1LoW/archives/65016484.html
その上でGUIであれば[システム]>[設定]>[キーボード]で、
キーボードレイアウトが「japanese 106-key」のような標準的な設定になっているか試すといいかもしれません。
問題のサーバで直接操作すると問題はありませんでした。「ちゃんとつながるサーバ」は試していませんでした。「bash上でC-v」に関しては今、手元の環境でそういうことができるというのを確認しました。問題のPCは職場のものなので今調査できないのですが、明日試し、結果を報告します。アドバイスをありがとうございました。
teraterm は試していなかったです。最後の手段として検討します。ただ、putty で解決するのであれば使い慣れたputtyを利用したいです。情報をありがとうございました。