サンダーバード以外のアプリでは日本語入力時に下に点線がでて、選択後新しいキーを打って確定になるのですが、
サンダーバード使用時はIMEのツールバーがMSIMEに変わります。
入力も確定キーで反転文字の選択状態になり、新しいキーを打つとその文字で消されてしまいます。
(これはATOKの設定にしているからかも知れませんが）
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MS-IMEが必要なければ削除してしまえばよいと思います．
（無効化では勝手に復活することがありますのでお勧めしません）
やり方は以下の通りです．
http://d.hatena.ne.jp/uogiawi/20090928/1254113699
また，MS-IMEが必要になったら，Microsoft Officeのインストールディスクから再インストールすれば良いです．
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ありがとうございます。