デスクトップにLinuxを使っていたのですが、一度（ハードディスクを）完全に初期化させたいのですが、方法はあるでしょうか？

CDかFDで起動すればフォーマットできますし、データ消去ディスクを使えば完全な消去もできます。

http://www.wheel.gr.jp/~dai/software/wipe-out/

http://www.atmarkit.co.jp/fsecurity/rensai/securitytips/024dban....

早い話、全てのセクタに別のデータを上書きするだけの事なので何だって構いません。

ブートセクタが残ったとしてもそこに個人情報などありませんから、通常の領域に適当にデータをコピーしたって構いません。

私は、エロビデオをディスク一杯まで書き込んでからフォーマットしますけどね。

（データ復活ソフトを走らせるとビデオが出てくる仕組み）

一番簡便なのは、USBメモリかなにかOSをインストールして、そこから起動してフォーマットすることですね。dosでもいい。

あるいはどっちにしろなにか別のOSをそのHDDにインストールするのでしょうから、そのインストールディスクで、HDDを初期化するという選択はあるはずです。その際物理フォーマットを選べば、かなりクリーンにはなります。

OSのインストーラなどからのパーティションの再作成、フォーマットで初期化できます。

データの消去ということであれば、以下のようなツールもあります。

http://www.wheel.gr.jp/~dai/software/wipe-out/

廃棄するハードディスクのデータを完全に消去する − ＠IT

主なところは既存の回答と変わりませんが、データ消去に関する考察が詳しいので紹介。

つーるとしては上記で紹介されている DBAN を推しておきます。

IBMのSecure Data Disposal が便利ですよ(￣ー￣)ノ。

http://www-06.ibm.com/jp/pc/think/thinkvantagetech/secure_data_d...

http://www-06.ibm.com/jp/domino05/pc/download/download.nsf/jtech...

FDD一枚（USBFDD可）で起動します。FDD作成時に、.NETが必須です。さっき廃棄パソコンのデータをこれで潰しました。結構時間がかるので、夜寝る前に実行しておけば、朝には自動で終わっています。