Javascriptのprototypeの理解について困っています。

質問文が混乱しているので「どのような場合にprototypeにメソッドを定義するべきなのでしょうか？」という質問だと仮定して回答させていただきます。

仕組みはともかくとしてprototypeを使ったオブジェクト指向を利用する場合、以下の２点を認識しておけばいいと思います。

・オブジェクトに設定したメソッドは、そのオブジェクトからしか使えない。(newして作成したインスタンスからは使えない)

・オブジェクトのprototypeに設定したメソッドは、そのオブジェクトからnewして作成したインスタンスで使える。

質問にある例ですと、インスタンスのwidth*heightを求めることが目的の動作のようなのでRectangle.prototype.getAreaを設定すべきです。

(Rectangle.getAreaのメソッドは、インスタンスrから呼び出すことは出来ません)

以下に、オブジェクトに定義されたメソッドとprototypeに定義されたメソッドがどう違うのかのサンプルコードを示しますので参考にしてください。

function Obj() {}
Obj.fncStatic             = function () { alert('Static');   };
Obj.prototype.fncInstance = function () { alert('Instance'); };

//オブジェクトから直接メソッドを呼ぶ
Obj.fncStatic();
//Obj.fncInstance();    // ※１エラー

//オブジェクトからインスタンスを作成し、
//インスタンスのメソッドを呼ぶ
var obj = new Obj();
//obj.fncStatic();      // ※２エラー
obj.fncInstance();

※１：「Obj.fncInstance」なんてものは定義されていないので、エラー。

※２：newは、新しいオブジェクトを作成して、そこから親オブジェクトのprototypeが見えるように設定します。

　　　このとき、prototype以外は作成されたオブジェクトから見えるように設定されません。

　　　よって……

　　　→objはObj.fncStaticを見つけることに失敗します。

　　　→objはObj.prototype.fncInstanceを見つけることには成功します。