私は、これから、ソフト開発を.NETからJavaに移行しようと考えています。

J2SE 5.0 EOSLは単にJava5はもう古いのでJava6を使ってねというだけです。

WindowsでいうとXPはもうサポート期限が切れたのでWindowsUpdateが出なくなりますよ、というのとほぼ同じです。

セキュリティパッチなどが出なくなるだけで別に使い続けようと思えば使い続けられますし、古いJavaプログラムは新しいJavaでもちゃんと動きます。

＞これは、現在のJavaのモジュールなどが使えなくなるという意味でしょうか。

違います、過去のバージョンのJavaライブラリは今後も使えます。

＞だとすれば、私はしばらくは.NETで開発し、次期Javaを待った方が、学習効率が良いのでしょうか?

いつ初めても問題ありません。

Javaでは過去の資産が陳腐化することはあっても使えなくなることは基本ありません。

＞ あるいは、上記にある "Java for Business 1.5" とかいうものを使うのがよいのでしょうか?

Java for Business は何らかの理由で古いJavaを使い続けなければならないユーザ（例えば古いバージョン指定で動くお役所システムなど）向けに有償で古いバージョンのセキュリティパッチなどを当てた特別バイナリの提供をサポートしますよ。というだけです。

＞(1) スタンドアロンのアプリ、ウェブアプリ、携帯向けアプリ、等、あらゆる種類のアプリを視野に入れたい。

携帯向けアプリに関してはだけは古いJavaのみが対象だったりします。

ただ元々モバイル環境向けはリソースの問題もあるうえ、元々使えるクラス群もPC版に比べて制限されてますしJavaのバージョン以前の問題なので今回の話にはあまり関係ないですけど。

今後のAndroid向けアプリの開発ということならそこまでしがらみは多く無いと思います。

＞(2) 開発に関する知識が駄目になっても、実行環境で後方互換性が確保されていればまだ良いかなと思う（嫌だけど）。

知識がだめになることも基本ありませんし、互換性も確保してくれるので心配することは無いと思います。