iPadで裁断>スキャン>pdf加工して自炊本を読んでいますが、calibreを使用しepub形式でも書跡を読む事が出来ると言う記事を見ました。検索してもソレについての情報が少ない様ですが、実際に裁断>スキャンしてepub形式で出力するケースとpdf自炊のケースの違いを教えて下さい。

calibreでPDF->epub変換を行う場合、元PDFのデータからテキストが抽出できる場合には、そのテキストを使ってepub化を行います。

今回の場合、スキャナーで生成したPDFファイルが元データとありますが、スキャン＋OCRで元データの段階でテキストがテキスト化されている場合にはepub化する意義はあります。ただし、PDF生成がOCRの機能なしで行われていてテキストがイメージデータとしてPDF化されている場合にはepub化する意義はほとんどないかと思います。

iPadの場合、epub+ibookの方が利便性は高いと思います。