さくらvpsで

Fedora release 13 (Goddard)
PHP Version 5.3.3
Apache/2.2.17 (Fedora)

上記環境で、パーミッションを777にしてもsuphpをつかってスクリプトの実行権限をhomeユーザーにあわせてもphpからmkdir fopen touch 等のファイル書き出し系の関数が動きません。

ターミナルからphpで対象ユーザーにチェンジした後、コマンドをたたくと（php /hoge.php等)問題なく実行されます。http経由の物に対してセキュリティがかかっているように思えるのですがどのような物が考えられるでしょうか？