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いろいろな条件によっても違いが出てきますし、そもそも「現実的な危険度」をどう計るかという問題があるので、外しているかもしれません。

結論から申し上げると、「方法によっては半年くらいは大丈夫」だと思われます。

まず、小型ペットボトル飲料を唾液および手指で汚染させた時の細菌数の変化 という研究があります。

CiNii 論文PDF - オープンアクセス のリンクから PDF で全文が読めます。

これは、ミネラルウォーターやお茶のペットボトルに、唾液と手指を洗った液体を混ぜて放置した時に、細菌数がどう変化するかを調べたものです。

pH が酸性の果汁飲料などでは細菌は繁殖しませんでしたが、ミネラルウォーターやお茶では2時間後には細菌数が水質基準を超える所まで増加しています。

また、5回中2回では大腸菌も検出されています。

ただし、この大腸菌は唾液由来ではなく手指由来と推測され、キャップやボトルの内側を直接指で触らなければ、ボトル内に混入する可能性は低いと思われます。

また、一般細菌が増殖していると言っても、唾液由来のものだけであれば病原性は少ない筈ですので、これを飲めば確実にお腹をこわす、とまでは言えないでしょう。

口の中の細菌を培養した水を飲みたいかどうか、という事になるわけです。

さらに、ペットボトルに直接口を付けて飲まなければ唾液由来の細菌は混入しない筈ですから、主に空気中の浮遊細菌の混入だけを考えれば良い事になります。

これは、キャップの開け閉めの回数や、飲み残しの量などに依存しますが、例えば半分くらいを飲み残して常温で3日も放置すれば繁殖した細菌やカビのコロニーが視認できるくらいになるでしょうから、空中細菌の病原性の有無を度外視しても、飲用したい水と言えるとは思えません。

また、使用するペットボトルが何回も使用したものであれば、ペットボトルの内側に付着した細菌も考慮に入れるべきでしょう。

以上を踏まえて、ペットボトルの水を長期保存する方法を調べてみると、愛知県衛生研究所 の 巨大地震に備えて　（その２） に、「⑤ ペットボトル等の消毒と保存用飲料水の作り方」という項目があります。

これによれば、容器を次亜塩素酸ナトリウムで消毒した上でキャップを密閉して冷暗所で保存するという方法を述べた後に、「できれば半年、最低でも１年に一度は作り替えることをお勧めします」という記述がありますので、冒頭に述べた「方法によっては半年くらいは大丈夫」という結論になると考えました。

「現実的な危険度」からすれば、1年と言って良いかも知れません。

なお、このページでは「飲料水」とだけしか書いてありませんが、巨大地震に備えて　その１ の方には「②備蓄する水について」という項目があり、水道水でも浄水器を通した物は推奨されていませんので、合わせてご参照ください。

以上、ご参考になれば幸いです。