Google App Engineのウェブアプリと、ローカルのスタンドアロン・アプリとの連動のさせ方について

Slim3、GAE/Java、Eclipse、GWTなどで、開発しようとしております。

GAEではファイル出力ができないということなので、
どこかにVPSなどを借りて、そこにスタンドアロンのソフトを稼動させて、
ウェブページなどを出力させることができないだろうか、などと考えております。
あるいは、単に自宅のサーバーから、GAEのデータを読み込んで、FTPしてもよいかもしれません。

さて、このようなシステムを構築するにあたって、
そのシステムの一部としてのGAEアプリを開発する場合の、
注意点を教えてください。

なお、スタンドアロンのほうは、Javaでつくろうと思っております。

上記に関係すれば、どのようなことでも結構ですので、ご助言をねがいます。
ただ、私はVB.NETの開発経験しかありませんので、そのあたりをご勘案の上、入門的に平易なご解説を願います。

よろしくお願い致します。