お使いのPC環境が分からないのですが、"Imagemagick" http://www.imagemagick.org/script/index.php が使える環境ですか?であれば可能だと思います。
shell省略
mogrify -crop 1280x960+0+48 ./scr/*.bmp
mogrify -geometry 640x480! *.bmp
cygwinでできました。
ありがとうございますヽ(´ー`) ノ
P.S:windows版でもできました
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mogrify -geometry 640x480! *.bmp
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