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NTFSをFAT32にしたいということであれば、できません。再フォーマットの必要があります。
http://windows.microsoft.com/ja-JP/windows-vista/Convert-a-hard-disk-or-partition-to-FAT32-format
たとえば、未使用のDドライブをFAT32でフォーマットするなら、コマンドラインから下記のように指定します。
FORMAT D: /FS:FAT32
No.1
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ここでベストアンサー
NTFSをFAT32にしたいということであれば、できません。再フォーマットの必要があります。
http://windows.microsoft.com/ja-JP/windows-vista/Convert-a-hard-disk-or-partition-to-FAT32-format
たとえば、未使用のDドライブをFAT32でフォーマットするなら、コマンドラインから下記のように指定します。
FORMAT D: /FS:FAT32
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コメント（3件)
できる
dosのfdで起動してフォーマットしてやればいいだけ。
（てか、dosはNTFSには対応してないけど、xpのコマンドプロンプトからはできるんだ、しらんかった。。）
どんな機種でどういう状況で、何をどうしたいのかきちんと書かないとコメントすらつけようがないぞよ。
で検索すると
>>
Windows XP での FAT32 ファイル システムの制限
http://support.microsoft.com/kb/314463/ja
<<
とかイロイロ見つかります。
最近のでかいHDDを使っていて(使いたくて)これかな？と思ったけど、
ちょっと違うか。
seble さんも書かれていますが、
やりたいことをもう少し詳しく書くと識者からスバリの回答が付くと思いますよ
ア．新規に購入した500GのHDDをD: FAT32で初期化したい
とか
イ．現在使用中のE:80G NTFS を FAT32で再初期化したい。
など、用途も書くと答えやすいかなぁ。
スバリの回答じゃなくてスミマセン。無事解決することを願いつつ、逃げるように失礼します。