WEB上で検索できる[アドバンスト]→[印刷工程]→[色を置換]のメニューは出てきません。ACROBAT8のメニューのようです。
PDF といってもグレースケールな部分は画像でしょうか。
一応下記が参考になりそうですが、
http://forums.adobe.com/thread/405653
画像に関しては Acrobat は得意な処理ではないので、画像を別アプリで
2値化してからPDF作成の方が仕上がりは良くなりそうです。
追記:
他の方法を確認してみましたが、印刷メニューで「白黒2値印刷」にチェック
を入れ、プリンターで「Adobe PDF」を選んで実行、でもできそうです。
以前こちら http://q.hatena.ne.jp/1306806783 で紹介したImageMagickで、TIFFかBMP等にフォーマット変換し、そのフォーマットで2値化と言うのが可能かも。
メーカーに質問しました。
「残念ながらご要望の機能は瞬簡PDF4含め、弊社デスクトップ製品にはございません。」
とのことでした。
サーバーにインストールするのは厳しいかもですね。