電車の出発とは、ドアが閉まった時でしょうか? 車輪が動き始めた時でしょうか? ホームから電車が完全に離れた時でしょうか?

「運転取扱実施基準」というような名前の規則があって、そこで決められているようです。

正確に言えば、運転士が基準にしているもの、ではなくて記録を取るうえで、どのタイミングを出発時刻とするか、という決めですが。

↓は都営線（地下鉄）のもの。

http://www.lawdata.org/local/tokyoreiki/g1011692001.html#j50

http://www.over-rabbit.com/hobby/railway/archives/178

http://www1.plala.or.jp/obata/myweb1_035.htm

↑は、JR (もしくは、旧国鉄) の運転取扱実施基準を抜粋していると思われるのだけれど、

ネット上で本物がなかなかみつかりません。

時刻表に表示された時刻になったら、車掌が速やかに安全確認を行って、安全にドアを閉めて、再度安全確認を行います。車掌がボタンを押して運転士に安全を通知すると、運転士が指差し安全確認を行って出発します。

現実には時刻表の時間通りに出発するのが通常です。時刻表の時間までにドアを閉めると、乗れなかった人から苦情が来ます。駆け込み乗車の人のために、時刻通りに安全にドアを閉める事が出来ないと困りますね。