原爆による放射線の残存量は１年で1/1000になるのに対して原発は１年で1/10程度にしかならないって児玉龍彦さんがいってましたが、残存量に違いがでるのはどうしてでしょうか？

単純に「一気に爆発させた場合」と「じっくり燃焼させた場合」の違いかと思いますが。

原爆は、燃料である核物質を一瞬で爆発させます。この瞬間に大量の放射性物質が生まれますが、一瞬で出来ただけに、その内訳には半減期の短い物質も長い物質も一緒くたになっています。もともと核分裂して出来る放射性物質の大部分は半減期が短く、半減期の短い物質はあっという間に減っていくので、１年もすればほとんど残りません。

一方原子炉は、燃料である核物質を時間をかけてじわじわ燃やしていきます。その過程で原爆と同じように半減期の短い物質も長い物質も生成されるのですが、原子炉の場合は、半減期の短い物質は原子炉の中にいるうちに半減期を迎えてなくなっていきます。結果、原子炉の核廃棄物には、比較的半減期の長い物質ばかりが残ることになります。たぶんこの事を言ってるんじゃないでしょうか。