AS400で、JAVAアプリからCLを呼び出す必要があります。

AS/400 は使ったこと無いですが、ネットで調べてみた限りでは、

CommandCall クラス（IBM Toolbox for Java のクラス）の run() メソッドで呼べそうです。

■ IBM Toolbox for Java

http://publib.boulder.ibm.com/infocenter/iseries/v5r4/topic/rzahh/page1.htm

■ コマンド呼び出し

http://publib.boulder.ibm.com/infocenter/iseries/v5r4/topic/rzahh/cmdc.htm

■ CommandCall - com.ibm.as400.access.CommandCall

http://publib.boulder.ibm.com/infocenter/iseries/v5r4/topic/rzahh/javadoc/com/ibm/as400/access/CommandCall.html

import java.io.*;
import java.util.*;
import com.ibm.as400.access.*;

public class CommandCallExample extends Object
{
  public static void main(String[] parmeters)
  {
    AS400 sys = new AS400("mySystem.myCompany.com");
    CommandCall cmd = new CommandCall(sys);
    try
    {
       cmd.run("CRTLIB MYLIB");
       AS400Message[] messageList = cmd.getMessageList();
    }
    catch (Exception e)
    {
       System.out.println("Command " + cmd.getCommand() + " issued an exception!");
       e.printStackTrace();
    }
  }
}