PHPで秒単位の値を「時間：分：秒」の型に変換したいと思っております。(例：「3661」→「1:1:1」)

そのような標準関数はないので自作しましょう。

そもそも24時間以上はどう表現したいんでしょうか？50時間30分5秒とか？2日6時間50分5秒で良いならdateやstrftime等の標準関数でも可能かもしれないが0日とか0時間を削る処理が必要ならやはり自作関数を作ることになる。

24時間以上の値も変換できる標準関数があるかどうか

ありません。

また、date(),strftime(),gmstrftime()は、ご承知のように、「日時」を表示するものですので、秒数を時分秒に変換するには適しません。大多数のPHP処理系では0時0分0秒から始まるUNIX TIMEからスタートするので見かけ上、問題は生じませんが、万が一、これ以外のスタート時間を持つ処理系では正常に動作しないことになるからです。

どのような用途でご利用になるかは存じませんが、仕様書にある以外の使い方には十分な注意が必要です。

やはりユーザー関数として用意するのが無難かと存じます。

参考として、秒数を配列（時，分，秒）に変換する関数の例を以下に掲げます。

<?php
//秒->array(時,分,秒)
function hms($sec) {
	$ss = $sec % 60;
	$mm = (int)($sec / 60) % 60;
	$hh = (int)($sec / (60 * 60));
	return array($hh, $mm, $ss);
}

list($hh, $mm, $ss) = hms(25 * 3600 + 26 * 60 + 27);
printf("%d:%02d:%02d", $hh, $mm, $ss);
?>