動画変換ソフトウェアについて質問です。

MKV(中身:H.264/MPEG-4 AVC High Profile Level 4.1)
↓
MP4(中身:H.264/MPEG-4 AVC Baseline Profile Level 3)
にエンコードできるソフトウェアを探しています。
何かいいものはありますでしょうか。

できればフリーソフトがいいです。
できれば解説もお願いします(解説サイトのURL転載も可)