サーバーからブラウザにCookieを送信する際、HTTPヘッダではなく、HTML内でMETAタグ(<meta http-equiv="Set-Cookie" content=～>)を使って送信を行いたいと思っています。

とくに問題はありません。

細かいことを書くと、HTML5では以下のように小文字で表記します。
時刻はGMT表記にした方が無難でしょう。

<meta http-equiv='set-cookie' content='name=hoge;
  expires=Thu, 1-Jan-2030 00:00:00 GMT;
  domain=www.hoge.jp; path=/; secure'>

HTML5 (W3C Working Draft 25 May 2011) では、set-cookie は非準拠で、「HTTP ヘッダを使うべき」とされています。
http://www.w3.org/TR/2011/WD-html5-20110525/semantics.html#pragma-directives

4.2.5.3 Pragma directives
　　...
Cookie setter (http-equiv="set-cookie")
　　This pragma sets an HTTP cookie. [COOKIES]
　　It is non-conforming. Real HTTP headers should be used instead.

＃ 赤色は、ぼくが付けてます

対応している限り動作に違いはありません。
クッキーに対応していてかつJavascriptにも対応してるもので
「META要素によるhttp-equiv="Set-Cookie"指定」に対応していない
ものは記憶ではなかったと思います。

たとえば、ドコモの携帯でも対応しています。

HTTPヘッダのSet-Cookieヘッダ指定
META要素によるhttp-equiv="Set-Cookie"指定
JavaScriptによるdocument.cookie指定
http://www.nttdocomo.co.jp/service/developer/make/content/browser/browser2/new_function/

他のmataタグと同じく、ブラウザに読み飛ばされないように気を付ける程度だと思います。