現在、某旧帝大大学院の一見エリート学生ですが、全く人とコミュニケーションすることができません。誰に質問されても「デュフフ」って言ってしまっているようです。こんな僕なので就活での面接も失敗続きで、二次面接に進んだことがありません。また、同級生からは、精神病だから早く病院に行けと助言されているのですが、さすがにそれは拒否しています。

一回カウンセリング（精神病ということではなく）を受けることをおすすめします。客観的な意見に耳を傾けることが必要な気がします。
　
社会人というものは、学生よりもコミュニケーションが必要です。書かれた通りだとすると、就職は無理ではないかと、個人的には思います。

コミュニケーション術は要求される応用のレベルが高いので、明文化したり丸暗記ができないだけで、学力と同様に重要なスキルです。カウンセリングを受けたくないのであれば、コミュニケーション術関連のセミナーを受けてみてはいかがでしょう？セミナーの総合情報サイトは色々ありますので、基礎レベルのコミュニケーション術を学べるセミナーを探してみると良いと思います。
http://www.seminarjyoho.com/
http://www.seminars.jp/

会社の立場になって考えて見ましょう。
例えば、上司の方が二人の部下の方と仕事の打ち合わせをするとします。
部下Aさんは低学歴だがコミュニケーション力が高く、
部下Bさんは高学歴だがコミュニケーション力が低いとします。

Aさんは知識があまりないので、上司の方の言ってることが半分も分かりません。しかし、コミュニケーション力が高いのでその場で上司に聞いたり、同僚・先輩の方々に助けて貰いながら仕事を遂行します。仕事などというものは何度か繰り返せば慣れるので、以後は一人で仕事ができるようになります。新しいことがあれば、自分でその都度聞いていけば良いわけです。

Bさんは知識があるので、上司の方の言ってることが９割がた分かります。しかし、質問の仕方も下手だし、同僚・先輩から助けを貰うのも下手なので、残り１割の仕事がどうしても終りません。結果としてミスが生じるリスクが発生します。会社としては、他人を巻き込んでもミスをしない新人の方が、他人を巻き込まないがミスをする新人より断然良い人材です。

ここで会社がBさんを有効活用するためには、すべてのコミュニケーションを文書化するか、コミュニケーションを補助する「通訳役」をBさんのサポートにつけるという選択肢があります。しかし、口で言う代わりに文書化するのには何倍もの手間隙がかかりますし、専属のスーパバイザーをつければ当然人経費がかさみます。結果、同じ仕事を任せてもBさんには倍の人経費をかけないと仕事が完了しないわけです。

仕事において大切なのは、自分がどれほど大きな利益を、それに見合うだけのコストと最小限のリスクで会社に提供できるかです。質問者様のように優秀な人材であれば大きな利益を生み出すこともできるかもしれませんが、それがコストやリスクと釣り合わなければ不要な人材なのです。

コミュニケーション術を評価されるのは、修士号を一つ取るくらいのものだと考えてみると良いと思います。コミュニケーションも勉強です。色々大変だと思いますが、がんばってください。