Canon「EOS 5D Mark II」で、コンパクトフラッシュをフォーマットすると、FAT32になるのでしょうか

FAT32になるようです。

Wikipedia 英語版の Canon EOS 5D Mark II、Video recording によれば、

Movie clips can be up to 4 GB in size, approximately 12 minutes of 16:9 HD (1920x1080) or 24 minutes of 4:3 SD (640x480) footage (depending on scene complexity). These limits stem from the 4 GB maximum file size supported by the FAT32 filesystem format used on Compact Flash cards.

「ムービーファイルの最大サイズは4GBで、HDでは約12分、SDで約24分である。これらの制限は、コンパクトフラッシュカードのFAT32ファイルシステムフォーマットでサポートされるファイルの最大サイズが4GBである事に起因する」
コンパクトフラッシュ自体は容量32GBのものとかもありますが、FAT32の制限のために1ファイルのサイズは4GBまでになるようです。

お役に立てることを祈りつつ。