SEOについて質問です。

＞wwwの有り無しによってSEO効果は変わるのでしょうか。

かわらない。
ドメインで評価してるわけでなく

URLで評価してるから。


wwwありとなしでアクセスできると
両方にリンクを貼られる恐れがあるから
そのままだと、SEO的に不利なので
どっちかに統一してとかいう話になるだけ。

サブドメインでも、SEOで上位にあがっているところはたくさんある。

taroeさんがおっしゃっているように変わらないと思われます。

今はもうSEOの評価の対象にはなりませんが
googleのツールバーのページランクも
wwwあり、なし、両方同じになっています。

URLを統一する手段はおっしゃっているようにmod_rewriteもありますし
リダイレクトをして、統一させるのもよいと思います。

ｗｗｗという文字列にはたいした意味がありません。
あるドメイン中のＷｅｂサーバによくつけられる名前でしかありません。
たとえばはてなでいうと
ｗｗｗ．ｈａｔｅｎａ．ｎｅ．ｊｐはｈａｔｅｎａ．ｎｅ．ｊｐというドメインの中の代表的なＷｅｂサーバのホスト名だということを慣習的に表しています。
ｈａｔｅｎａ．ｎｅ．ｊｐというドメインの中で別のホストがあった場合にｗｗｗを別の文字列に変えてホスト名とします（ｈ．ｈａｔｅｎａ．ｎｅ．ｊｐのように）。

ＳＥＯの効果というのをどのように判断するかによりますが検索結果で上位に来ることを効果が高いというならばホスト名のサーバ名だけを評価の対象にするというのは聞いたことがありません。
サーバ名だけでは無くドメインとして評価されることはあるかもしれませんが。

ドメイン名の説明についてはこちらのページをご参照ください。
http://www.mse.co.jp/ip_domain/domain_text.html