グーグルアナリティクスについての初歩的質問

（１）全ページのアクセス数をみたいときは、全ページにタグを埋め込む必要がありますか？

そうです。
アクセスされた情報をトラッキングコードの処理が収集します。

（２）複数サイトをそれぞれに管理したいのですが、どのような設定が必要でしょうか？

ひとつのアカウントで、複数のプロパティを定義できます。
それぞれのサイトを、ひとつずつのプロパティで定義するだけで良いと思います。

（３）MTやWPなどのCMSでbodyの終わりが共通テンプレートになっている場合、body終了タグの直前にはれませんが、body内であれば特に影響はないでしょうか？

例えば、極端に大きなページの場合、トラッキングコードの処理が行われる前に、そのページから離脱されることがあります（特に、遅い場合）。
Google Analytics の結果を、そのページを見てもらった、という解釈で分析するには、なるべく、そのページの最後の方に記述した方が良い、ということになります。

トラッキングコードが、ページの先頭の方に書かれていて、且つ、そのページの表示が極端に重たい場合、ページ単位のでビューの数はそこそこあるのに、サイトの滞在時間が短いとか、直帰率が妙に高いというような結果になる可能性があります。