動物(ヒトを含む)の体内で起きている抗原抗体反応を可視化する技術はありますか。たとえば、fMRIやレントゲンや超音波装置などの可視化技術のなかで、バクテリアやウィルスなどの抗原を、抗体グロブリンが結合している場面を、生きたままの状態で画像化(可視化)する技術はあるでしょうか。

それは、IgGとかが今まさに抗原にくっついた、というような、分子レベルでの可視化の話でしょうか
それですと、生きたままとか以前の問題で、かなり難しいのではないかと思います

以下は、サンプルサイズが1mm四方以下であることを想定した分析法ですが・・・（動物の直接観察とかは全く不可）

倍率的には透過型遠視顕微鏡レベルになりますが、これですと対象分子は完全に固定した状態での観察になりますので、
抗原抗体反応前・反応後の写真（静止画）が取れるだけになります（それでも相当に難しいですが・・）

また、原子間力顕微鏡ですとある程度、動画らしきものは取れるかと思いますが、
こちらは「今画面に写っているのがなんの分子か」を判別するのが困難ですので、やはり難しいと思います。
（IgGも抗原もぼんやりした団子にしか見えないと思われます）

ちなみに、分子レベルではなく、抗体の群れがわーっと抗原に襲いかかってる写真なら取れるみたいですね
http://yobou-meneki.com/milk/work.html
これは走査型電子顕微鏡像ですので、やはり生きたサンプルや動画は無理です
ただ、上記レベルの解像度でしたら、蛍光顕微鏡や共焦点レーザー顕微鏡を使用すれば、動画もどきは撮れる可能性はあると思います
絵面としては
http://www.invitrogen.jp/qdot/antiigg.shtml
こんな雰囲気です

連投すみません
大事なことを書き忘れましたが、ご質問のように、生きた動物の外から分子レベルかそれに近いシーンをダイナミックに撮影する、という方法は僕にはさっぱり思い浮かびませんでしたので、回答ではなくコメント欄に描かせていただきました。
ここ数年の論文に掲載されるレベルの最先端分析法なら、もしかしたら、あるかもしれないなぁとは思いますが心当たりはないです。

大変ご丁寧にご説明いただきありがとうございます。

分子レベルの抗原抗体反応を生きたまま可視化することは、まだできないようですね。

脳波に現れるわけでもなさそうですし。

ありがとうございました。
参考ページもゆっくり拝見します