プリンター(インクジェット複合機)でイラストを読み込んでパソコンで確認すると色が薄くなっています。

ドライバーをアップデートしたことなかったら とりあえず アップデートしてみてください。

http://cweb.canon.jp/drv-upd/ij-mfp/mp640swin104ej.html

【Ver.1.01】
・Windows 7に正式対応しました。
＜スキャナードライバー＞
・適切なカラーマッチング結果が得られない場合があったのを修正しました。

このような不具合が 解消されます。

これで 解消されるかどうかは わかりませんが。

CanoScan Toolboxの「画像タイプ」を変えて試してみてください。
例えば「カラー(雑誌、カタログ)」モードとか・・・

画像のクオリティを追求するなら画像処理ソフトで調整するのが
良いのではないかと思います。

有料版で有名なのは　PhotoShop
フリーで有名なのは　GIMP

そもそもスキャナ、カメラで取得した画像が、そのまま実物の見た通りと
同じ色であるということはありません。
スキャナや写真機の性能・特性や、そのデータを扱うドライバなどのソフト
それを表示するパソコンのグラフィックボード、そしてモニタの特性など
途中で何重にも画像劣化の障壁があります。
そもそも、見ているモニター自体も、ちゃんとキャリブレーションでカラー調整を
していないと、真実の色ではないです。
（プロの写真家さん、デザイナーさんなどパソコンで画像を扱う仕事をしている
方々は、ここら辺も注意しているはずです。）
モニター上で見た目と同じ色に調整できたとしても、他のパソコンでは
違う色に見えることだってあります。

まあ厳密にはとても難しい話なのですが、結局言いたいのは
画像を補正すること自体に抵抗を感じる必要は全くないと言うことです。

なお、写真を過度に修正しまくって、相手を騙すような補正ではなく
あくまで、実物の見た目と、モニタの表示が同程度になる様に補正する
場合のお話です。