3DSについての質問です。

3DSは100曲までしかリスト表示されないだけなので、実際には曲は入っています。
100曲より多く聴けるようにするためには入れるフォルダを作って一つのフォルダに100曲以下にして分ければ大丈夫です。
例えば、アーチストごとやアルバムごとやジャンルごとに分けたりします。
フォルダは8階層まで作れて、全体で3000曲までが認識可能です。
　
それと、音楽ファイルの対応形式がAACとMP3だけなので他の形式のファイルは再生できませんのでファイルの圧縮形式を確認してみてください。