パソコンのUSB端子に挿したUSBメモリーのデータがウイルスによって消去される確率は、パソコン本体の中のデータがウイルスによって破壊される確率と比べるとどれくらいですか？

ネットワークがつながっているか繋がっていないか、もしくはUSBをどの程度頻繁にPCにつなぐかにより、かなり確率が変わってくると思います。ですが、情報処理推進機構の調査によると、USBメモリの感染が、６３．８％だったらしいです。つまり６割弱がUSBメモリで残りがPCだということです。

ウイルスの感染経路は、従業員数300人以上の企業（480社）の場合で、USBメモリなどの外部記録媒体が63.8％と最も多く、インターネット接続（49.4％）や電子メール（42.9％）も多い結果となった。300人以下の企業（296社）では多い順に電子メール（47.6％）、インターネット接続（45.9％）、外部記録媒体（41.9％）となっている。

http://www.itmedia.co.jp/news/articles/1202/24/news094.html

確率は、感覚的には同じ程度。
近年は、ファイル破壊系のウイルスがすくなく
バックドアを仕掛けるとか、情報を盗むとかそういう系統が多いので。

USBメモリーに対して、ファイル破壊を行うより
感染もとにしたほうがメリットが高いので、そういう意味では
内臓HDDよりも、確率は低いかも。


USBメモリーのデータが大丈夫で、
HDDのデータが削除されたら

USBメモリーを疑わないとおもうし、
削除にしても、時限性にしておいて
後で削除されるとか、何かのタイミングで消えるとかで
USBメモリーと関連付けるのは難しい仕組みにしておいたほうが
ダメージが大きいでしょう。

「パソコン本体の中のデータ」と「破壊」の意味合いにもよりますが、「パソコン本体の中のデータ」の方の率が圧倒的に高いと思います。

基本的にUSBメモリ内のデータを壊す動機はあまりありません。
現在、意味もなくデータを破壊するような愉快犯的ウイルスは極少数だと思います。
ですので、その点からのUSBメモリ内のデータ破壊は少ないと思います。

中にはバグで破壊してしまうものもあると思いますが、これも対象がUSBメモリ内になるよりパソコン本体の方になる率が圧倒的に高いでしょう。
USBメモリへの感染時にバグで破壊してしまうという可能性はあるでしょうが、バグでデータを破壊する様では感染力は低いと思いますので、ほとんど出回らないと思われます。

おそらく、一番高いのは感染を隠蔽するためにシステムのファイルに細工をすることではないでしょうか。
設定の書き換えやファイル置き換えを「破壊」と言うかどうかというのはありますが。
この場合システム関連のファイルはパソコン本体の方になります。

他にはセキュリティ対策ソフトの動作を妨害するための破壊活動もあるかも知れません。
これもパソコン本体の方になります。