仕事の効率化のテーマで雑誌の記事を書いておりまして、「iPhone」や「macbook」といった

裁判所により普通名称化したとの判断が示されているものについては、注釈を入れる必要がありませんが、まだまだiphoneは普通名詞としては使われてないので注釈をつけたほうが無難だと思われます。


また、amazonがアップルに対してapp storeが普通名詞だとクレーム申し立てしてますが、こちらはまだ決着がついておりません。
http://jp.techcrunch.com/archives/20110520apple-strikes-back-in-amazon-app-store-tiff/

たとえば、「正露丸」や　「ポケベル」ならOKのようです。



http://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%99%AE%E9%80%9A%E5%90%8D%E7%A7%B0%E5%8C%96%E3%81%97%E3%81%9F%E5%95%86%E6%A8%99%E4%B8%80%E8%A6%A7

依頼された原稿なら　基本的なルールが決まっていると思いますので、依頼元の編集部に相談されるのが良いでしょう。
ほとんどの場合で、日本で商標登録されている新しいものには、付けておくのが無難じゃないかと思います。

商標検索 (特許電子図書館)
http://www1.ipdl.inpit.go.jp/syutsugan/TM_AREA_A.cgi

P.S.
特定機種を対象にしていないのであれば、内容によっては、一般名に置き換えた方がよいかも知れません。

登録商標なので、あったほうが良いでしょうが
雑誌の記事ということなので、そこのスタンスによると思います。

「iPhone」や「macbook」はほかの記事でもガンガン出てるような雑誌と
そうでない雑誌とでは扱いが違います。

普通は入れておいたほうが無難です。
それは記事毎に入れるものなのか、雑誌全体として入れるものなのかによります。

注釈を入れたほうが無難ですね。