住宅ローンコンサルティングを請負う住宅総合支援センターの様な所で、別荘ローンの相談は受け付けてくれますか？

そういった場合のローンは
“セカンドハウスローン”といいます。
主居住地とはしない、長期の単身赴任時など遠隔地の住宅や別荘としての不動産購入用途の住宅ローンです。住宅ローンと比較して、
貸付金利が若干高めに設定されているケースが多くなっています。

ちなみに、別荘ではなく余暇用途のリゾートマンションについては対象外となり、リゾート会員権の購入資金を対象としたリゾートローンやフリーローンの範疇に含まれる
金融機関もあります。なんにしても各金融機関で扱いが若干変わってきますので、質問主さんが仰るとおり、専門的な知識のある方に相談してみた方がいいですね。

住宅総合支援センターは住宅と書いてあるぐらいですから、別荘に関してはどうか私もわかりかねますが、電話などで聞くだけ聞いてみては如何ですか？
専門外でも何かアドバイスをもらえるかもしれません。