ＣＤの中の2曲(例えば1番と3番)を、映像と並行して1曲目を再生スタートさせ、1曲目が途中まできたらその音声を下げ、2曲目の途中から最後まで再生する方法、異なる2曲を途中でつないで聞かせる方法、システムはないでしょうか？

PCなどに音源をうつさずCDに入ったままそれをやるなら、パイオニアとかのCDJですかね。
http://pioneer.jp/cdj/products/cdjplayer/index.html


機能、参考まで。
http://www.mirai.ne.jp/~pingpong/www/terry/cdj/cdj%81%5Batoz.html

これは動画を作成したいということでしょうか。（的外れならご指摘下さい）
Windowsに標準で付いているムービーメーカーで出来る範囲だと思います。
使い方はこちらなどを参考にして下さい。

０．CDをリッピングして、MP3ファイル等にしておく
１．映像ファイルをドラッグ＆ドロップしてムービーメーカーに読み込み、ビデオ欄に更にドラッグ＆ドロップ
２．その映像に音声が入っているなら、ビデオ欄の+をクリックして、オーディオ欄の長方形を右クリックしてミュート（無音）にする
３．１曲目の音楽ファイルをムービーメーカーに読み込んで、オーディオ/音楽欄にドラッグ＆ドロップ。その長方形を選択した後、右辺にカーソルを持って行くと⇔が出るので、終わらせたい部分まで縮める。そしてその長方形を右クリックして、フェードアウトを選ぶ
４．２曲目のファイルも同様に長さを合わせる。左辺にカーソルを持って行くと⇔が出るので、始まらせたい部分まで縮める（多分動画の終了と合わせた時間にしたいという意味ですよね）。必要なら、右クリックしてフェードインを選ぶ。
５．ファイル→動画の発行

ちょっと説明をはしょりましたので、わからない部分があればコメントで追加質問して下さい

わざわざシステムと断っていると言うことは、自動化前提でしょうか?

機械で本気でそういうことをしたければ、舞台音響などに使うようなミキサーが必要な気がします。全手動でいいなら適当に、ステレオ入力が複数あるミキサーならどれでもいいですが、自動化するとなったらそうも言ってられなくなりますね。外部コントロール可能なものか、事前にプログラム可能なものが必須ってことに。

自動化だったらこんなのとか：
http://proaudio.yamaha.co.jp/products/mixers/imx644/index.html

機材は不問・とにかく実現できさえすれば手段不問だったら、ソフトでやるのが安直でしょう。

PCソフトでやる場合の例
http://my.reset.jp/~triton/SEP.htm

しょうもない話ですが、1枚のCDに入っている曲でクロスフェードしたければ、あらかじめコピーしておかないとだめでしょう。PCでやる場合はMP3やWAVにしておけば済みますが、ミキサーを使う場合はCDが2枚にプレーヤーも2台必要になりますね。けっこう大がかりなことになりそう。