負荷のかかる運動をするとアンモニアが発生しますが、このアンモニアはたんぱく質が分解して発生するのでしょうか。

負荷がかかりすぎる場合、
分解されずに体の熱を取る汗などに変わってしまいます。
なので、負荷がかかるとあまり分解されずに体の外へ排出されます。

http://hikawa.takara-bune.net/hSeiriEnergyTaisya.html
　
タンパク質がエネルギーとなるにはいったんアミノ酸に分解されてクエン酸回路に組み込まれる必要があります。
エネルギー源の一つとは言えますが、直接利用されるのではありません。

http://hobab.fc2web.com/sub4-Ammonia.htm

　さて、随分お待たせしたものの、短文回答になるのです。

　負荷運動では解糖系や糖新生が動いてアミノ酸が分解される事でアンモニアが生成されますが、これは尿素などに変換されるわけです。

http://hobab.fc2web.com/sub4-zesshoku.htm
　タンパク質が分解されて～というのはむしろ飢餓時に起きる事、といった方が良いかなぁ、と思っているのです。