jQueryでWEBサービスを作ったり、ある程度できるのですが、

「純粋な JavaScript」というのが一般的な表現ではなく何を指しているのかわからないので、ECMA-262 で定義されている言語仕様や DOM API を覚えるべきか？ということだと想定して回答します。


>純粋なjavascriptは覚えるべきでしょうか。

「知らないよりは知っていた方がいいので覚えるにこしたことはないです」という回答になります。必須かどうかで言えば必須ではないと思います。なぜなら今時ライブラリを使わずに JavaScript を書くケースはあまりないから、です。ただ、言語仕様については学ぶ価値があるでしょう。var による変数宣言、暗黙の型変換、プロトタイプ継承など知らないと躓く箇所があるので。
僕は本で学んだので役立つサイトは知りませんが、ソーシャルブックマークでブックマーク数が多い記事は読んで役に立ちました。本については

http://www.amazon.co.jp/dp/4873115736/
http://www.amazon.co.jp/dp/477414813X
http://www.amazon.co.jp/dp/4873114888

を読んだことがあります。どれも役に立つと思います。

ちなみに、会社の同僚はスマートフォン対応をする際にも jQuery Mobile を使っていましたし、おそらく「純粋な JavaScript」については詳しくないと思いますが、特に困ってる様子はありませんでした。