PHP,MySQLとエクセル関連の質問です。

サーバー上で動いているファイル一式はありますか？
PHPからExcelを操作するライブラリはいくつかありますので
おっしゃっている「xls」や「xlsx」を検索したり
PHPのファイル内をGrep機能を使って「Excel」で検索してみてください。
あるいはデータだけ送ってクライアントで生成してるってことではないですよね？

Smartyの機能ではなく、PEAR :: Package :: Spreadsheet_Excel_Writer が利用されているようです。
http://pear.php.net/package-info.php?pacid=156

下記サイトを参考に、addWorksheet メソッドを呼び出しているPHPスクリプト（拡張子php）を探してください。おそらくそのスクリプトの中でExcelのデータ形式を定義しているはずです。
http://www.doyouphp.jp/sample/sample_ora_excel_pear.shtml

該当の行のデータが書かれている部分の
setRowのパラメータを変更することで行の高さを変えることができます。

$hoge->setRow(変更したい行数, 高さの値);

変更したい行数は0から数えてください。高さの値は恐らくポイントです。
http://pear.php.net/manual/ja/package.fileformats.spreadsheet-excel-writer.spreadsheet-excel-writer-worksheet.setrow.php

列の幅などを変えるのは「setColumn」になります。

セルの設定をするには基本的に「write」を使えばよいと思います。

$hoge->write(セルの行数, セルの列数, '書き込みたいテキスト');
//Excelの数式を使ってA1からA5の合計をA6に書く場合
$hoge->write(5, 0, '=SUM(A1:A5)');

http://pear.php.net/manual/ja/package.fileformats.spreadsheet-excel-writer.intro.php

使い方ですが基本的にドキュメントを確認するのが一番だと思います。（日本語訳もされてるし）
http://pear.php.net/manual/ja/package.fileformats.spreadsheet-excel-writer.php
後は検索で出てきた
http://www.phpbook.jp/pear/pear_spreadsheet_excel_writer/
こちらも噛み砕いて書かれていると思います。

もしphpのソースの中に直書きしてあれば、phpのソースをダウンロードして、grepして修正ですね。mysqlのデータベースに入っている場合は、知識のある方でないと、修正できないと思います。

＞値を抽出してきたり、計算式を加える必要はなく
＞単純にセルを加えたり、行の高さを調整したりしたいのですが、

行の高さを調整程度は簡単にできるかもしれませんが、ある程度の知識がないとセルを加えるのは無理だと思います。

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イメージ的にはひな形(xls)ファイルがないというか、新規のEXCELシートに
１からマクロで、行幅やセルの属性、データの設定などを作成していっているという感じだと思います。

マクロの部分にすべての情報が書かれている状態で、これをカスタマイズするという作業は
EXCELだけに閉じていたとしても面倒な作業なのがわかるかと思います。

で、今回はマクロでなくてその作業をPHPのコードの中ですべてやっているということです。

このパターンで、セル追加とか列を追加すれば、位置がずれたりするので見直しがかなり必要となるはずです。

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1.他のエンジニアに修正を依頼する
2.出力されたEXCELシートから、別のEXCELマクロなどでデータのみを読み取って、新規の帳票を作成する
3.CSV出力などのデータだけ取得する機能があればそれを使用して、EXCELマクロなどで読み取って帳票作成する

いろいろ方法はあると思いますが、EXCELマクロが得意なら、2,3で逃げることが可能だと思います。