浄水器とTDSの値について教えてください。

基本的な知見の羅列になりますが・・・

ご質問のレベル（微量分析）で確かな測定値を得たい場合、自分ならまず前提条件として以下を気にします。
・水質計のスペック（精度）が十分か
・水質計の校正はきちんとなされていて、十分な性能が保証されているか
・水質計自体が汚染されていないか
→まずは市販の超純粋など、水質の保証されているサンプルを用いて水質計の性能チェックを行うべきでしょう。

また、活性炭など吸着系のフィルターについては、できるだけ長い時間水に接触させることで吸着量を上げることができます。
フィルターを通過させる水の流速はなるべくゆっくりがいいと思います。

また最初の活性炭浄水器の性能は十分でしょうか。
逆浸透膜以前のフィルタの不純物除去能力がよくわからないのですが、
逆浸透浄水器に対して純水未満の水質の水を通してしまうと、
逆浸透膜が一気に性能低下してしまう危険があります。
また活性炭も寿命がありますので、活性炭浄水器の性能をきちんとチェックすることが重要です。

水は水質が上がる（不純物が少ない）ほど、周囲の物を溶かしやすくなります。
例えば普通、金属の容器に超純水を入れることはしません。
超純粋が金属をよく溶かすため、金属容器が腐食してしまうからです。（当然水質も下がります）
そのため通常の超純粋はプラスチックの容器で保管したり、配達されたりします。

フィルタリングより簡単に水質を上げる方法として、蒸留があります。
フィルタリングの後に、蒸留ユニットを仕込めばもう少し水質が上がるかもしれません。
（ただし気をつけないと、設備が大きくなる分、逆に汚染の危険も上がります）

余談ですが、ICP（元素分析の一種）のような超微量化学分析を行うときなどは、
使用するガラス容器は硝酸で数日間煮込むなど、徹底的な洗浄を行います。
本気で綺麗な容器を用意しようと思うと、それくらい気を使う必用があるんですね・・・。

高性能の浄水設備は頻繁な整備や維持費の問題もあります。
そこまでするんであれば、自分としては超純水を通販するなどしたほうがお手軽かと思います。