店舗兼自宅で家賃の一部を経費で計上していますが、敷金、礼金も経費にしていいのでしょうか。

家賃と同じ比率でなら問題ない（はず）です。

もともと自宅として利用していて、途中から一部を店舗として利用してる場合は
すこし変わってくる可能性があります。

額によるのですが、そんなに大きい額でない限り税務署は問題としないのでその場合でも
問題ないことが多いのですが、ある程度高額になるのでしたら、
納税税務署に確認するほうが、あとあとトラブルを防止できるかと思います。

一般論としては以下の通りです。

■礼金の扱い　（費用計上はできる）

礼金を支出した場合の勘定科目としては、長期前払費用勘定を用いて管理する事となりますが、支出する金額が２０万円未満の少額なものについては、その全額を支出時に支払手数料などの勘定科目を使用して費用（損金）処理することが認められています（法人税法施行令第134条）。
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1123095766

■敷金の扱い

敷金は戻らない物は契約年数で割って費用計上するのですが、戻る物は敷金として資産計上です。
http://okwave.jp/qa/q1563312.html

地域によって、敷金という意味合いが違う場合があり、戻ってくるものは資産なので資産計上です。
ただ、敷引という制度があるところで、退去時に一定額ひかれることがもともとわかっている場合は、その分を礼金と同じ扱いで費用計上できます。

また、どの程度戻ってくるかは不明だけど、全額が戻ってこないことがわかってる場合も、
許容される範囲で費用計上できます。

これも額によるんですね。少額の場合は対してどちらでも税務署自体は問題としないからです。