以下に合致する飲食店をオススメしてください。

http://www.hanayayohei.co.jp/
華屋与兵衛

4名以上で予約可能。座敷が無い店舗があるかもしれませんので（私は経験した事ありませんが）、利用したい店舗に問い合わせてみてください。

http://www.i-look.ne.jp/isecho/tokyo/index.htm
伊勢長　帝国ホテル店

座敷があります。入学祝・七五三などにも、とのこと。
そして！帝国ホテルにはベビールームがあるので、0歳児と1歳児は一時預かりしてもらうという手もあります。いかがでしょうか。

東京の子連れで行けるレストラン情報一覧―ぐるなび【ベビなび】
子連れ、東京、座敷ありでの検索結果から、ランチ営業でチェーンじゃない店をえらびました。
ぐるなび - 和風創作料理 鶴すし雑誌にのったお寿司の店
ぐるなび - ホテルラングウッド 日本料理 天心ホテル（ビュッフェではない）
ぐるなび - 美空間個室ダイニング 美羽 ‐miu‐ 新宿東口店アクアリウム個室は子供が好きかなー
ぐるなび - お忍び個室ダイニング お酒美 ?OSAKEBI? 渋谷本店肉にこだわりのしゃぶしゃぶ
ぐるなび - 浅草 魚料理 遠州屋海の幸


あとは参考までに
居酒屋　ぐるなび - 木村屋本店 立川北口　ビジネスマン多そう
ぐるなび - 龍鳳　中華居酒屋、ビジネスマン多そう（大森）
ぐるなび - ヂンギス邸　路地裏、カルチニンで体があたたまりそう
ぐるなび - おだいどこ はなれ 渋谷宇田川町店　渋谷、おしゃれでゆっくりできそう
ぐるなび - 中金　屋形船。１歳の子供はよろこびそう、川風にしばらくあてると０歳児はきっと寝てくれます、ただしランチでも７０００円以上する
ぐるなび - 木村屋本店 立川北口　立川はのんびりできそうだけど、ちょっと用がないとめんどくさいねー

ぐるなび - フジテレビキッズカフェ「ママトコ」　おいしい感ではないですがそれなりに楽しそう
　
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1275264567　類似の質問（他サイト）
http://shibuya.odekakebaby.net/taxonomy/term/59,3　渋谷限定の子連れランチブログ
　
思うに、ビジネス街ではなく若いママがなにかをお目当てに遊びにくるような街の店なら、いっぱいそんな店があったり、違和感なくとけこめるとおもいます。都内というだけではなく、浅草とか、水天宮の近くとか、お台場（兄弟づれも多い）とか、これと決めて探した方が早そうです。

叙々苑 新宿小田急ハルク店
http://www.jojoen.co.jp/shop/jojoen/halc/index.php
こちらの店舗だと座敷の部屋があり、予約できます。
ランチは比較的安いほう。

帝国ホテル
http://wedding.biglobe.ne.jp/baby/spot/baby_027.html

http://r.gnavi.co.jp/a332668/
こちらはどうでしょうか。

http://www.smiley-mom.com/shops
こちらでさがすのもいいですよ。