漫画やアニメに登場する忍者キャラがよく使うござる口調について質問します。

わざわざその口調を使わなくても忍者だと分かるからじゃないですか？
服装・ストーリー等を見て忍者と分かればわざわざそういう口調にする必要性が無くなります。
あとは、キャラクターの個性を出すために、ナルトなら一人称が「拙者」よりも「俺」の方がしっくりくると思います。

逆に、その場に忍者が居る事が普通なら考えられない状況で忍者を出したいときは第三者が見たときに『あ、忍者だ』と認識できるようにそう言った口調を使うのではないでしょうか？



あとは、漫画家さん達の考える忍者によって変わるんだと思います。
人によって物事の考え方は違います。その違いから来る場合もあると思います。