jQueryの「$.fn.Hoge　また $.Hoge」の文法の意味がよくわかりません。

あー余計なこと書いたかもしれない。

Hoge という関数が別に使われているかもしれない、でも、自分でその名前の関数を作りたい、というときに、

というのはまあそうで、もっと言えば別に使われているからというより、書いているのがjQueryのプラグインだから、必要なのは全部$の中に入れて（もっと言えば$.Hoge.fooとか）、よそ（グローバル）に変数や関数を作らないという、こだわりというか美的感覚による、というところかと。

そのようなことを考慮するなら～という書き方です。

それは「別に使われているから」「よそ（グローバル）に変数や関数を作らない」でもありますが、ユーザーにも使ってほしいユーティリティ関数は$の中に入れると思います。
＃$.AllBigImg=function(){return $('img').うんた.らかんたら();}; // みたいな
これが$自体を拡張する意味のほぼすべてではないかと思います。

で、蛇足として「ほぼ」に入らないであろう$の代わりにthisをつかう
＃$.AllBigImg=function(){return this('img').うんた.らかんたら();}; // みたいな
こういう方法をとるために$の中に関数入れるなんて発想もしいて言えばあるけど、普通はしないですよ、普通は「～という書き方」をしますということが言いたかったです。

これも蛇足な気がしてましたが。
koime_ryokutyaさん的には強調部分が回答のところになるかと。
＃他の言語でもグローバルじゃなく静的メソッドや静的変数にする意味の多くがこれかと。

ユーザーにも使ってほしいユーティリティ関数は$の中に入れる

確かに。

逆ですね。
処理の実体は$.jCalにあって、プラグイン（$.fn.jCal）はそれを呼び出しているだけ、という作りです。
何でそうなってるのかな？と思ったのですが、$.jCalの方は$.jCal("#hoge")とか、普通のDOMエレメント（getElementByIdとかで得られるやつ）とかも渡せるようになってるっぽい。
＃jQueryの$()の機能なんですけどね
元々なんか作ったときのサブルーチンだったのを、ちょっと修正してプラグイン化したのかも。
サブルーチン的にもプラグイン的にも、どっちでも使えるよ、っていう程度の事の気がします。

元々なんか作ったときのサブルーチンだったのを、ちょっと修正してプラグイン化したのかも。

同感。
svn での 0.1 を見ても、その辺りの作りは一緒ですね。

(function($) {
	$.fn.jCal = function (opt) {
		$.jCal(this, opt);
		return this;
	};
	$.jCal = function (target, opt) {
		opt = $.extend({
	...

のくだりは、以下のように無名のまま呼び出すのと変わらないです。

(function($) {
	$.fn.jCal = function (opt) {
		(function(target, opt) {
			opt = $.extend({
			...
		})(this, opt);
		return this;
	};

0.1 のソースを見てもらうと分かるのですが、drawCal() の中で、click イベントの処理で、$.jCal() を呼び出しているので、グローバルなスコープを持つ関数としておきたくて、でも、名前空間を汚したくないという意識が働いて、$ のメンバにしたのかも。
＃ その辺りも、クロージャで解決できますが。

で、最初の名残が、今も残っている、ということじゃないでしょうか。