DOS起動用のUSBメモリの作成でUSBメモリにWindowsから見えない、ブートレコーダみたいなファイルは作られるのですか。

ブートレコーダみたいなファイル

MS-DOSで言うところのIO.SYSのことでしょうか？
http://ja.wikipedia.org/wiki/IO.SYS
DOSであれば基本FATであり、システム属性と不可視属性があり、IO.SYSのようなシステムファイルは通例システム属性と不可視属性（加えてリードオンリー属性）が与えられています。
そしてWindowsの初期設定ではこれらのファイルは見えません。
しかし、設定で簡単に見えるようになり、そういう場合は「Windowsからも見えるファイル」と呼ばれる気がします。
＃というか、見えるからファイルで、見えなければファイルとは呼ばない気がします。

必要最低限なファイル名も教えてください。

DOSによります。
MS-DOSからの伝統で**IO.SYS, **DOS.SYS, COMMAND.COMの3つの場合が多いですが、中には2つのものもあります(FreeDOS)。
他にフォントやキーボードドライバ（及びそれらを組み込むためのCONFIG.SYS相当のファイル）が必要な可能性もあります。