FXで確定申告が必要になった場合、支払うべき税金はその確定申告の時期に一度に支払う事になるのでしょうか？

FXの所得は会社が知るところではないので確定申告が必要です。
現金納付の場合は例年3月15日、口座振替を選択すれば4月中ごろです。


収入－必要経費＝雑所得

『給与所得＋雑所得』で確定申告です。（雑所得が20万円以下なら確定申告不要、住民税は要申告）

FXは取引形態によって申告分離課税方式か総合課税方式かが変わるのですが、いずれにしても確定申告する必要があり、1年間の税金を指定金融機関から振替納税します。

申告所得税、消費税及地方消費税(個人事業者)の振替納税手続（国税庁）

http://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinsei/annai/nozei-shomei/annai/24100020.htm

なお、振替納税の場合は平成25年4月22日(月)に納付すべき税額の2分の1以上を納付すれば､残りの税額の納付を平成25年5月31日(金)まで延長することができますが、利子がかかります。
http://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinkoku/shotoku/qa/10.htm