東京都内で古いキッズメダルゲームが多く設置してある店を探しています。

東京都の八王子市のアドアーブ株式会社のジョイランドイコイなどはどうですかね。私はそこを一番お勧めします。理由は古いキッズメダルゲームがあるからです。しかもメダルも出やすいですよ。

2011年の情報ですがこちらのサイトの写真によれば
上野の松坂屋の屋上のゲームコーナーに
「しゅりけんボーイ」と「ダムダムボーイ」などが
確認できます。
http://blog.livedoor.jp/ozawy_ojawa/archives/1277718.html

駄菓子屋ゲーム博物館

都営三田線　板橋本町駅Ａ４出口より徒歩６分
http://dgm.hmc6.net/miyamotochou/

スペースポカーン・どぼちゃんなどを調べてみたところそこまで古くはない筐体でしたので、大きめのゲームセンターにならあると思います。

http://www.adores.jp/tenpo/01_tokyo_nai.html

No3の場所のはちょっと古すぎるような気がします…。

一回だけ行ったことがあったのは、駄菓子屋ゲーム博物館ですね。
けっこう古いキッズメダルゲームがありました。