<?xml version="1.0" encoding="SHIFT_JIS"?>の、

$buf = mb_convert_encoding( file_get_contents( './sjis.xml'), 'UTF-8', 'SJIS');
$e1 = mb_convert_encoding('/\xE3\x80\x9C/' , 'utf8', 'sjis-win');
$html = preg_replace($e1,"\xEF\xBD\x9E",$buf);

こんな感じで正規表現を使うなら置換できると思いますが。

<?php
$buf = mb_convert_encoding( file_get_contents( './sjis.xml'), 'UTF-8', 'SJIS');

// 波ダッシュを全角チルダ(～)へ変換
$html =preg_replace(
mb_convert_encoding('/\xE3\x80\x9C/', 'utf8', 'sjis-win'),
"\xEF\xBD\x9E",
$buf);

// 全角マイナス記号(－)の変換
$html =preg_replace(
mb_convert_encoding('/\xE2\x88\x92/', 'utf8', 'sjis-win'),
"\xEF\xBC\x8D",
$html);

// 双柱・平行記号(∥)の変換
$html =preg_replace(
mb_convert_encoding('/\xE2\x80\x96/', 'utf8', 'sjis-win'),
"\xE2\x88\xA5",
$html);

// セント記号(￠)の変換
$html =preg_replace(
mb_convert_encoding('/\xC2\xA2/', 'utf8', 'sjis-win'),
"\xEF\xBF\xA0",
$html);

// ポンド記号(￡)の変換
$html =preg_replace(
mb_convert_encoding('/\xC2\xA3/', 'utf8', 'sjis-win'),
"\xEF\xBF\xA1",
$html);

// 否定記号(￢)の変換
$html =preg_replace(
mb_convert_encoding('/\xC2\xAC/', 'utf8', 'sjis-win'),
"\xEF\xBF\xA2",
$html);


echo $html;
?>