wordpress3.5に関しての質問です。

ループの処理で投稿を表示していますから、ループの開始直前またはループの処理終了後の箇所に記述するといいです。

・トップページ「index.php」

			<?php if ( have_posts() ) : ?><!-- 投稿の有無を判定 -->

				<?php if (function_exists('page_navi')) :
					page_navi('elm_class=page-nav&edge_type=span');
				endif; ?>
				<?php /* 以前の質問で削除済み？ */ /* twentyeleven_content_nav( 'nav-above' ); */ ?>

				<?php /* Start the Loop */ ?><!-- 投稿表示のループ開始 -->
				<?php while ( have_posts() ) : the_post(); ?>

					<?php get_template_part( 'content', get_post_format() ); ?>

				<?php endwhile; ?><!-- 投稿表示のループ終了 -->

				<?php if (function_exists('page_navi')) :
					page_navi('elm_class=page-nav&edge_type=span');
				endif; ?>
				<?php /* 以前の質問で削除済み？ */ /* twentyeleven_content_nav( 'nav-below' ); */ ?>

			<?php else : ?><!-- 投稿が無い場合の処理 -->

※カテゴリーページおよびアーカイブページにも同様のループ処理があるはずですので、上に表示する場合は「if ( have_posts() ) :」から「while ( have_posts() ) : the_post();」の間に、下に表示する場合は「while ( have_posts() ) : the_post();」に対する「endwhile;」の後に記述します。

【※コード修正済み※】(PHPの開始タグ・終了タグ忘れ)